６日、ハリケーン・サンディによって大きな被害を受けたニューヨーク州およびニュージャージー州でも米大統領選の投票が行われたが、緊急投票場所での混乱や機械の不具合が生じるなど、さまざまな障害が発生した。
マンハッタン区アッパーウエストの体育館に設置された投票所では、早朝から数百人が歩道や館内で長蛇の列をなした。投票するのに平均１〜２時間待ちとなったほか、会場では身体障害者への補助もないなど、投票者の間では不満と怒りが募った。
また、停電やガソリン不足が続く被災地では、選挙権を最大限確保するため、宣誓供述書を提示すればどの投票所でも暫定票を投じられる特別措置が設けられた。だが、別の場所で投票する有権者が使用するはずの投票用紙と供述書が指定場所で投票する人に誤って配布されるなど、係員の間でも混乱が見られた。
さらに、ニューヨーク市内の複数の投票所では初めて電子投票が導入されたが機械に不具合が生じ、従来の紙による投票に戻したため遅れが出た。
今回のハリケーンで少なくとも24人以上が死亡したニュージャージー州では、自宅から避難した市民を在外有権者とみなし、ファックスか電子メールで不在者投票を認める異例の措置を設け、投票受付は９日まで延長することを決定した。
